Dobrou a kvalitní zdravotnickou péči poskytují zpravidla pouze poměrně drahá, zejména komerční zdravotnická zařízení, která se nacházejí většinou jen v největších městech.
Doporučuje se očkování proti virové hepatitidě A (B při delším pobytu, vysoce endemická je i virová hepatitida E), poliomyelitidě a břišnímu tyfu.Před odjezdem do Indonésie je třeba prověřit platnost očkování proti tetanu, popř. proti poliomyelitidě.
Riziko nákazy malárií je nízké na Jávě, Bali a v některých oblastech Sumatry a Sulawesi, vyšší na Kalimantanu, Lomboku, částech Sumatry a Sulawesi a vysoké na Papui a dalších ostrovech na východě země. V zemi se rovněž celoročně vyskytují komáři přenášející horečku dengue. Četnost případů horečky dengue vrcholí v zimním deštivém období, většina případů je u této nemoci zaznamenána ve velkých městech.
Nutná je obezřetnost při konzumaci potravin a vody, k pití se hodí pouze balená voda, nikoli voda z vodovodní sítě. S ohledem na nemoci přenášené komáry je vhodné používat repelent.
Mezi zvířaty je rozšířena vzteklina, při pobytu v nepřehledném terénu hrozí nebezpečí uštknutí jedovatými hady.
Celkem dobrý přehled očkování včetně cen lze najít zde.
Přiložené PDF obsahuje základní informace k očkování.